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上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺科研服務(wù)預約平臺上線
日期:2021-08-18 19:35:02
隨著許多重要作物及植物全基因組測序的完成,科研人員對精準、快速、無損獲取植物表型信息的需求日益增加,功能完備的表型信息采集設(shè)備和表型信息分析技術(shù)將成為推動表型組學發(fā)展的加速器。上海農(nóng)業(yè)科學院與上海澤泉科技股份有限公司,結(jié)合雙方各自的優(yōu)勢,在上海農(nóng)業(yè)科學院奉賢莊行試驗站共同創(chuàng)立植物表型技術(shù)研究平臺。這也是省級農(nóng)科院中最具代表性的植物表型組學專業(yè)研究平臺,也是院企合作建立研究型平臺的創(chuàng)新嘗試。

上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺
地址
上海市奉賢區(qū)葉莊公路888號上海農(nóng)業(yè)科學院莊行綜合試驗站
國家新品種測試(上海)分中心二期基地
聯(lián)系人
徐培俊  18621585050
圖1210818.jpg
實驗預約二維碼(長按/掃描識別)

“上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺”科研服務(wù)涉及的植物種類:
圖2210818.jpg

目前平臺已建成的大型設(shè)備:

>>高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺,溫室型高通量植物3D表型成像系統(tǒng)

圖42108181.jpg

溫室型高通量植物表型平臺-Scanalyzer 3D是一套可以全自動、高通量對大量植株(從幼苗到成熟植株皆可)進行成像的系統(tǒng)。系統(tǒng)無需人工干預,能在可控條件下連續(xù)監(jiān)測成千上萬的植物??蛇xVIS、NIR、IR、根系NIR成像、熒光成像中的一種或多種,獲得完整的植株3D成像信息?!吧虾^r(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺”3D安裝了可見光(VIS)成像和近紅外(NIR)成像及相應的分析。

目前,平臺已針對小麥、水稻、玉米、黃瓜、番茄、辣椒、楊樹、丹參等多種植物進行3D表型服務(wù),服務(wù)內(nèi)容涉及脅迫生理,生長模型構(gòu)建、生長勢評價等領(lǐng)域。

● 可見光(VIS)成像可測量參數(shù)
植株
葉片
果實
植株結(jié)構(gòu)、冠層幅度、植株高度、寬度、密度、對稱性、葉片數(shù)量、莖稈長度、生物量、生長速率、骨架數(shù)、開展度、葉片角度、α角,葉與莖的上夾角、冠層或測量偏心率、顏色分布及變化、生長速率、表型指紋圖譜
數(shù)量、長度、寬度、葉片面積、葉片周長、葉片顏色分布及變化、葉片病斑、葉片對稱性、葉片偏心率
花瓣數(shù)量、花瓣面積、花瓣顏色分布及變化、花瓣對稱性、花蕊形態(tài)、果實萼片形態(tài)分析
長度、寬度、面積、顏色變化、曲率、果實體積擬合、果肉
● 近紅外(NIR)成像可獲得植株相對含水量分布進行水力學研究、脅迫生理學研究等。

服務(wù)內(nèi)容: 各種植物苗期至成熟期的栽培管理、3D成像及數(shù)據(jù)處理。

>>實驗室高通量植物成像系統(tǒng)Scanalyzer HTS

圖62108181.jpg

可以全自動、高通量對大量小植株進行成像的系統(tǒng),可以選擇配置可見光(VIS)成像、近紅外(NIR)成像、紅外(IR)成像、熒光成像或激光掃描3D成像(只適合高度15cm以下的小植株)中的一種或多種。系統(tǒng)無需人工干預,能在可控條件下連續(xù)監(jiān)測成千上萬的植物。上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺”HTS安裝了可見光(VIS)成像、近紅外(NIR)成像和紅外(IR)成像及相應的分析。

目前,平臺已針對擬南芥、玉米種子、煙草蒴果、蕎麥幼苗等多種植物進行HTS表型服務(wù),服務(wù)內(nèi)容涉及脅迫生理,生長模型構(gòu)建、生長勢評價等領(lǐng)域。

● 可見光(VIS)成像可測量參數(shù)
植株
葉片
果實
種子
植株結(jié)構(gòu)、冠層幅度、植株高度、寬度、密度、對稱性、葉片數(shù)量、莖稈長度、生物量、生長速率、骨架數(shù)、開展度、葉片角度、α角,葉與莖的上夾角、冠層或測量偏心率、顏色分布及變化、生長速率、表型指紋圖譜
數(shù)量、長度、寬度、葉片面積、葉片周長、葉片顏色分布及變化、葉片病斑、葉片對稱性、葉片偏心率
花瓣數(shù)量、花瓣面積、花瓣顏色分布及變化、花瓣對稱性、花蕊形態(tài)、果實萼片形態(tài)分析
長度、寬度、面積、顏色變化、曲率、果實體積擬合、果肉
種子計數(shù)、種子形態(tài)、種子病害、結(jié)實率擬合、種子凈度分析、種子發(fā)芽率、種子發(fā)芽速率、稻穗面積、稻穗顏色、稻穗長度、稻穗最大長度、稻穗結(jié)構(gòu)、稻穗骨架
● 近紅外(NIR)成像可獲得植株相對含水量分布進行水力學研究、脅迫生理學研究等。
● 紅外(IR)成像可獲得植株相對溫度分布等。

服務(wù)內(nèi)容:各種植物苗期至成熟期的栽培管理、HTS成像及數(shù)據(jù)處理。

>>高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺室,高通量基因分型系統(tǒng)

圖72108181.jpg

AgriphenoTM高通量基因分型檢測平臺包括高通量Oktopure DNA提取儀、Nexar模塊化內(nèi)聯(lián)液處理與分析系統(tǒng)、Soellex高通量PCR水浴熱循環(huán)系統(tǒng)和Araya內(nèi)聯(lián)熒光檢測系統(tǒng)。

Oktopure DNA提取儀采用磁珠的方法提取DNA,通量達到800個樣本/3小時。同時,適用于多種樣本類型的DNA提取,包括植物葉片、種子,毛發(fā)、血方卡、精液、口拭子、唾液、組織等。提取的DNA適用于多種下游應用,如基因分型、一代測序、二代測序等。

Nexar高通量吸取樣品DNA和引物、mix至384孔卷帶并封膜。Soellex對封膜完成的卷帶進行PCR水浴熱循環(huán),每次最多可達230,000個樣本。Araya對水浴完成的卷帶掃描分析,28秒掃描一張卷帶。

AgriphenoTM基因分型采用KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)原理,對目標SNPs和InDels進行精準的雙等位基因分型。反應體系僅1.6 μl,具有高通量、低成本,準確率和檢出率接近100%的明顯優(yōu)勢。

“上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺”將面向長三角科研院所及育種企業(yè)提供共享式的開放服務(wù),目前已可以提供植物生理學、農(nóng)業(yè)科學、植物病理學、遺傳育種、突變株篩選、植物形態(tài)建模、植物脅迫生理學、植物水力學等研究。

相關(guān)資料:
● 上海農(nóng)業(yè)科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術(shù)研究平臺揭牌成立
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